Analyse conformationnelle des macromolécules biologiques

Abstract

Dans cette thèse, des méthodes classiques de modélisation moléculaire (mécanique et dynamique moléculaire) ont été utilisées pour élucider les caractéristiques structurales et dynamiques des biomolécules : des glucides (tri- et pentasaccharide Lewis X), des oligopeptides (des tripeptides) et des complexes di-peptidique de cuivre (II). Deux sujets principaux ont été abordés: i) Les systèmes L,L-Phe-Leu-Cu (II), L,L-Leu-Phe-Cu (II), L,L-Phe-Met-Cu (II), et L,L-Met-Phe-Cu (II) ont été étudiés par modélisation moléculaire. Les résultats obtenus, qui sont en bon accord avec les résultats obtenus par les études potentiométriques montrent une augmentation significative de la stabilité des complexes de cuivre, quand un résidu aromatique est située en position C-terminal (par rapport au L,L-dipeptides contenant les mêmes résidus d'acides aminés), ce phénomène est attribuable à l'interaction entre l’orbitale d du cuivre et les électrons p du noyau aromatique. ii) L’analyse conformationnelle a été réalisée en utilisant la simulation de dynamique moléculaire (DM) avec le programme AMBER10 afin d'étudier le comportement dynamique du trisaccharide Lewis X (β-D-Gal-(1,4)-[α-L-Fuc-(1,3)]-β-D-GlcNAc-OMe), et du pentasaccharide Lewis X (β-D-Gal-(1,4)-[α-L-Fuc-(1,3)]-β-D-GlcNAc-(1,3)-β-D-Gal-(1,4)-β-D-Glu-OMe) dans le modèle d'eau explicite à 300 K pendant 10 ns en utilisant le champ de force GLYCAM 06. La même procédure est utilisée pour l’analyse conformationnelle des tripeptides : L,L-Gly-Phe-Phe (commercial), L,L-Phe-Gly-Phe, et L,L-Phe-Phe-Gly (synthétisé par le Pr S. Ghalem) en utilisant le champ de force FF99SB.