Étude de la résistance aux antibiotiques des bactéries à Gram négatif au niveau du CHU de Tlemcen

Abstract

La progression des résistances bactériennes aux antibiotiques confronte les médecins à des infections difficiles à traiter et pose un problème de santé publique. Les bactéries résistantes sont souvent la cause d’infections nosocomiales aggravant le pronostic des malades, prolongeant leur hospitalisation et augmentant les coûts des traitements. En milieu hospitalier, la large utilisation des antibiotiques et l’environnement favorable aux échanges de matériel génétique entre bactéries sont propices au développement des résistances bactériennes multiples. Au cours de cette thèse, nous abordons le problème de la résistance aux antibiotiques chez des souches cliniques et environnementales d’entérobactéries et d’A. baumannii isolées au niveau des services de réanimation et de chirurgie du CHU de Tlemcen. Pour les souches d’entérobactéries (17 Escherichia coli, 50 Klebsiella pneumoniae et 4 Enterobacter cloacae), le séquençage a permis d’identifier les gènes de résistance blaCTX-M-3, blaCTX-M-15, aac(3’)-II, aac(6’)-Ib-cr, qnrB2, sul1 et sul2 et les gènes cassettes aadA2, dfrA1 et dfrA12. La dissémination du gène blaCTX-15 au niveau du CHU de Tlemcen a été reliée à la circulation des clones épidémiques de K. pneumoniae ST15 et ST931 et au transfert de plasmides entre souches non reliées. La caractérisation de la séquence spacer entre ISEcp1 et blaCTX-M-15 a permis d’individualiser 2 types de populations. Une qui dérive du CTX-M-3 sous un contexte clinique algérien et une qui est universellement trouvée. Pour les souches d’A. baumannii, le séquençage a permis d’identifier la carbapénémase OXA-58 chez 16 souches résistantes à l’imipénème. Le plasmide portant le gène blaOXA-58, décrit dans cette étude, a été lié à la diffusion rapide de la résistance aux carbapénèmes chez A. baumannii au niveau du service de réanimation du CHU de Tlemcen. Mots clés : Entérobactéries, A. baumannii, Résistance aux antibiotiques, Epidémiologie