Screening moléculaire de quelques inhibiteurs du SARS-COV-2

Abstract

Apparu pour la première fois en Chine fin 2019, le SARS-CoV-2 est un coronavirus responsable d’une pandémie mondiale aux conséquences sanitaires majeures. Ce virus à ARN positif utilise plusieurs protéines clés pour infecter les cellules humaines et se répliquer, notamment les protéases Mpro et PLpro, qui sont devenues des cibles privilégiées pour le développement de thérapies antivirales. Ce travail porte sur le screening moléculaire de treize inhibiteurs potentiels ciblant les protéases Mpro et PLpro du SARS-CoV-2. Pour cela nous avons réalisé un docking moléculaire à l’aide des logiciels Pyrx et AutoDock Vina sous Chimera, suivis d’une analyse des propriétés pharmacologiques par Swiss ADME, et ADMETlab3.0. Les résultats obtenus mettent en évidence que le ligand TGG est le composé qui affiche la meilleure affinité de liaison avec Mpro (ΔG = -9,2 kcal/mol) et PLpro (ΔG =-10,3 kcal/mol), accompagné de nombreuses interactions avec des résidus catalytiques majeurs. Toutefois, son profil pharmacocinétique doit être amélioré en raison d’une forte polarité et d’une faible lipophilie. Les ligands Bofutrelvir avec ΔG = -7,9 kcal/mol pour Mpro et de -9,7 kcal/mol pour la PLpro, ou le F3077-0136 avec un ΔG = -7,6 kcal/mol pour la Mpro et de - 8,6 kcal/mol pour la PLpro, offrent également un potentiel inhibiteur intéressant du SARS-CoV-2. Mots clés : SARS-CoV-2, Mpro, PLpro, inhibiteur, Docking moléculaire.