Analyse in silico des SNPs à conséquences fonctionnelles et structurelle sur SIRPa: Prédiction des modifications post traductionnelles et modélisation moléculaire

Abstract

Dans cette étude, nous avons mené des analyses in silico afin d’évaluer l’impact fonctionnel de certains polymorphismes mononucléotidiques (SNPs) sur la protéine SIRPα. Nous avons prédit les modifications post-traductionnelles (PTMs) associées aux SNPs identifiés comme potentiellement délétères, ainsi que modélisé les structures tridimensionnelles des protéines mutées pour mieux visualiser les altérations structurelles. Pour cela, nous avons utilisé divers outils bioinformatique spécialisés dans la prédiction des PTMs, tels que GPS 6.0, MusiteDeep, NetPhos 3.1, GPS-MSP, GPS-UBER, GPS-PBS, CarSite-II, GPS-YNO2, GPS-SNO 1.0 et DeepNitro. La modélisation moléculaire des protéines mutées a été réalisée à l’aide des logiciels Phyre2 et SWISS-MODEL, tandis que l’évaluation de la qualité des modèles a été assurée par ERRAT et PROCHECK. Nos résultats suggèrent que certaines variations dans la protéine SIRPα (Q38H, G48E, R89W, D103V, I106M, G117S, L53V, C55S, C55R, C55G, C55F, C55Y et C55W) pourraient induire diverses modifications post-traductionnelles, notamment des phosphorylations, méthylations et carbonylation. En conclusion, cette approche in silico constitue une base préliminaire pertinente pour comprendre les effets potentiels de certains SNPs sur la fonction de SIRPα. Ces résultats pourront servir de point de départ pour des investigations expérimentales futures visant à valider leur impact biologique. Mots clés : modélisation moléculaire, modifications post-traductionnelles, polymorphismes mononucléotidiques (SNPs), SIRPα.