Conception des amorces pour le gène GATA3 exprimé par les cellules lymphoïdes innées type 2 (ILC2s) au cours des infections parasitaires

Abstract

Introduction : Les cellules lymphoïdes innées (ILCs) sont des cellules qui jouent un rôle très important dans la défense contre les infections, notamment les infections parasitaires. Ces cellules se caractérisent par l’expression d’une large batterie de facteurs de transcription et la production d’une variété de cytokines impliquées dans les réponses anti-infectieuses et anti- inflammatoires. Le facteur de transcription GATA3 est un facteur clé qui permet la régulation de la différenciation et le maintien des ILC2s. Objectif : L’élaboration des séquences d’oligonucléotides qui serviront d’amorces à l’amplification de l’exon 1 du gène GATA3 par PCR. Matériel et méthodes : afin de concevoir des amorces spécifiques du gène GATA3, nous avons utilisé des outils de bio-informatique. La base de données www.ensembl.org a été utilisée pour rechercher des séquences spécifiques du gène GATA3 et l'outil Primer- BLAST fourni par NCBI a été utilisé pour concevoir des amorces. Les résultats ont été confirmés par PCR in silico. Résultats : L’utilisation de L’outil Primer-BLAST a permis d’obtenir une amorce spécifique au gène GATA3 à savoir : Forward primer «GCTGTTTCTCCTTCCCTCCC», Réverse primer «CCACACACTCACACACCGTA» avec un produit spécifique de 499 Pb, Tm (Forward primer 60,03°C, Reverse primer : 59,90°C), la teneur en GC est de 60%Pour l’amorce sens et 55% pour l’anti-sens et une longueur de 20 nucléotides pour les deux amorces. Conclusion : Concevoir une bonne paire d’amorces aide à réussir la technique PCR, et donc l'amplification correcte du gène GATA3 et l'étude de son rôle au cours des infections parasitaires. Mots clé : amorces, GATA3, ILC2, parasites, Primer-BLAST.