Analyse in silico des SNPs à conséquences fonctionnelles sur TGF-βR2 et SMAD7 dans le cancer colorectal : Prédiction des modifications post traductionnelles et modélisation moléculaire

Abstract

Dans cette étude, nous avons réalisé des analyses in silico des Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) ayant des conséquences fonctionnelles sur les protéines TGFBR2 et SMAD7 dans le contexte du cancer colorectal. Nous avons réalisé des prédictions des modifications post-traductionnelles associées aux SNPs identifiés comme potentiellement délétères, ainsi que la modélisation moléculaire des structures tridimensionnelles des protéines pour une visualisation plus précise des altérations. Nous avons exploité plusieurs outils bioinformatiques tels que GPS6.0, MusiteDeep, NetPhos 3-1, GPS-MSP, GPS-UBER, PRmePRed, GPS.PBS, CarSite-II, GPS-YNO2 et GPS-SNO 1.0 pour prédire les modifications post-traductionnelles. Ensuite, nous avons utilisé les logiciels Phyre2 et SWISS-MODEL pour réaliser la modélisation moléculaire de ces protéines mutées et ERRAT/PROCHECK pour évaluer la qualité de nos résultats.