Screening in silico de quelques analogues de l’apigénine comme inhibiteurs potentiels de la cyclooxygénase-2

Abstract

Cette étude s’inscrit dans le cadre de la recherche de nouvelles alternatives thérapeutiques anti-inflammatoires par le biais d’un screening in silico de quelques analogues de l’apigénine ciblant la cyclooxygénase-2 (COX-2). L’inflammation, processus physiologique complexe impliquant la voie des cyclooxygénases, nécessite le développement d’inhibiteurs spécifiques pour limiter les effets secondaires des traitements conventionnels. En utilisant une méthodologie de docking moléculaire, nous avons évalué l'affinité de 20 analogues de l’apigénine vis-à-vis de la structure cristallographique de la COX-2 (PDB : 5F1A). La préparation du récepteur (chaîne B isolée) et des ligands a été effectuée via les logiciels UCSF Chimera et Avogadro, suivis de simulations de docking sous PyRx et d'une analyse des interactions par BIOVIA Discovery Studio. Les résultats révèlent que l’apigénine présente une forte affinité (ΔG = -9,2 kcal/mol) stabilisée par des liaisons hydrogènes avec Ser353 et His90, ainsi que des contacts hydrophobes avec Leu352 et Val523. S'appuyant sur ces données de référence, l'évaluation des dérivés a permis d'identifier trois analogues se distinguant par des énergies de liaison comprises entre -7,5 et -7,8 kcal/mol ; bien que ces scores soient légèrement inférieurs à celui de l'apigénine, ils demeurent nettement plus favorables que celui du ligand natif de référence (-5,9 kcal/mol). L’évaluation pharmacocinétique et toxicologique par SwissADME et ProTox-3 a montré que l’ensemble des composés respecte la règle de Lipinski. Contrairement à l’apigénine, les meilleurs analogues présentent une perméabilité à la barrière hémato-encéphalique et n'interfèrent pas avec les cytochromes CYP3A4. Sur le plan de la sécurité, le composé 7-hydroxy-2,2-dimethyl-3,4-dihydro-2H-1-benzopyran-4-one se dégage comme le candidat le plus prometteur, alliant une sécurité biologique optimale (Classe 5) à une affinité thermodynamique remarquable, suivi du dérivé 7-hydroxy-2,5-diméthylchromén-4-one qui se distingue par son interaction stratégique avec le résidu Ser530. Ces résultats ouvrent des perspectives prometteuses pour la conception de nouveaux agents anti-inflammatoires naturels plus efficaces et mieux tolérés