Analyse d'amarrage moléculaire d'analogue de l'azithromycine avec une glycoprotéine de surface de pointe SARS COV2.

Abstract

Introduction : La pandémie au COVID-19 a suscité une demande urgente de stratégies thérapeutiques pour contrôler la propagation de ce virus. L’azithromycine était l’un des médicaments réutilisés dans cette indication. Au vue d’améliorer son efficacité, un amarrage moléculaire a été réalisé sur huit analogues de structure avec une glycoprotéine de surface de pointe du Sars CoV 2. Matériel et méthode : La structure cristalline du domaine de liaison du récepteur de la protéine Spike du SRAS-COV a été importé à partir de la Protéine Data Bank (code 7LM9), puis visualisée sur le logiciel Discovery Studio2.5. La structure 3D de l’azithromycine a été téléchargée à partir de PubChem. Ses analogues de structure ont été sélectionnés en fonction du score de similarité de TANIMOTO. L’amarrage moléculaire a été effectué avec le logiciel AutoDock Vina. Résultat : L’azithromycine avait une affinité de -6,7 et un RMSD de 1,090 interagissant avec le récepteur par deux liaisons d’hydrogène (PHE :451, ARG :342,) , une liaison Alkyl (TYR : 383) , et 2 liaisons carbone-hydrogène (ASP :415, GLU :452). L’analogue 01 avait une meilleure affinité ( -6.9 ) avec un RMSD de 0.867 formant un complexe stable avec la glycoprotéine de surface de pointe du Sars CoV 2 : Une liaison hydrogène avec le résidu (ARG :342), une liaison alkyle (PRO :330) et six liaisons carbone-hydrogène (MET :417, PHE A :501, PHE :451, GLU :452, PRO :450, ARG :449). Conclusion : Un nouvel analogue de structure de l’azithromycine a été identifié comme étant un candidat potentiel ayant une meilleure affinité pour la glycoprotéine de pointe du Sars CoV 2 Mots clés : Sars-CoV 2, Azithromycine, analogues, amarrage moléculaire