Étude de simulation et d'amarrage moléculaire de dérivés de la quinine en tant qu'inhibiteurs potentiels de la protéase principale du SARS-CoV-2

Abstract

Le COVID-19, une maladie mortelle apparue à Wuhan, dans le centre de la Chine, en décembre 2019 et qui s’est répandue dans plus de 170 pays à ce jour. L’inexistence de médicaments ou de vaccins peu onéreux pour lutter contre le SARS-CoV-2 a aggravé la situation. C'est pourquoi le développement d'une thérapie efficace et peu coûteuse contre le COVID-19 est une priorité qui a intensifié la recherche. Cette étude a été conçue pour évaluer l'efficacité des dérivés naturels de la quinine contre le SARS-CoV-2 en utilisant des méthodes de docking moléculaire et de dynamique moléculaire. Afin d'estimer le potentiel inhibiteur de ces composés, des études de docking moléculaire ont été réalisées en utilisant autodock vina. Un total de 21 composés dérivés de la quinine a été docké avec la protéase principale du SARS-CoV-2 : la Mpro (PDB Id : 6LU7). Cinq composés : L’Indole-5,6-quinine, la quinine glucuronide, l’O-(Tert-Butylcarbamoyl) quinine, la quinine picrate et l’O-Benzoyl quinine ont montré les plus grandes affinités (-8.3 kcal/mol, -8.2, -7.8, -7.7, -7.6 respectivement) envers cette protéase faisant preuve d'un potentiel d'inhibition élevé. Dans le but d'évaluer la stabilité et le comportement dynamique de la protéine en complexe avec les deux meilleurs résultats obtenus au cours du docking, on a pratiqué des simulations de dynamique moléculaire. Nos résultats indiquent que l’Indole-5,6-quinine et la quinine glucuronide sont des inhibiteurs potentiels de la protéase principale du virus.