Prédiction in silico des inhibiteurs potentiels de la principale protéase de sars-cov 2 par des analogues du lopinavir

Abstract

Introduction : Le virus Sars-CoV-2 est un virus qui appartient à la famille des coronavirus qui peuvent infecter l'homme et causer des symptômes plus ou moins graves. Plusieurs stratégies ont été utilisées pour lutter contre cette épidémie y compris d’inhiber la principale protéase de sars-cov-2 la 3CLpro par les analogues de médicaments antirétrovirale dont lopinavir. Matériel et méthode : Dans cette étude in silico, la protéase 3CL pro a été extraite de la basse de donné PDB, traitée et visualisée par discovery. Les analogues de lopinavir ont été filtré selon le score de tanimoto a partir de la basse de donné PubChem et visualisée sur Discovery. L’amarrage moléculaire a été fait par autoduck vina et donné les meilleurs résultats pour chaque analogue étudié. Résultats : les résultats indiquent que l’analogue 10 présente une meilleure affinité pour la 3CLpro de -8.6 kcal/mol, et un RMSD de 4.844, il a la possibilité de former 9 interactions avec le récepteur dont 5 liaisons alkyl et une liaison hydrogène, ce qui le rend mieux que lopinavir en termes d’affinité et d’efficacité. Conclusion : La présente étude a permis de mieux comprendre la relation activité structure du lopinavir et de ces analogues. Un nouvel analogue structural a été identifié comme candidat potentiel ayant une meilleure affinité pour les sars cov2. Ces résultats représentent surtout un premier pas vers un futur agent thérapeutique Les mots clés : sars-cov2 ; 3CL pro ; analogue ; lopinavir ; l’amarrage moléculaire