Analyse in silico des SNPs à conséquences structurelles et fonctionnelles sur CD47 Prédiction des modifications post-traductionnelles et modélisation moléculaire

Abstract

Introduction : dans cette étude, nous avons réalisé des analyses in silico des single nucleotide polymorphisms (SNPs) ayant des conséquences fonctionnelles et structurelles sur la protéine CD47 dans le contexte du cancer. Nous avons réalisé des prédictions des modifications post- traductionnelles associées aux SNPs identifiés comme potentiellement délétères, ainsi que la modélisation moléculaire des structures tridimensionnelles des protéines pour une visualisation plus précise des altérations. Matériels et méthodes : Nous avons exploité plusieurs outils bioinformatiques tels que GPS 6.0, MusiteDeep, NetPhos 3.1, GPS-MSP, GPS-Uber, iCarPS, DeepNitro, GPS-YNO2, GPS- SNO1.0 pour prédire les modifications post-traductionnelles. Par la suite nous avons utilisé les logiciels Phyre2 et SWISS-MODEL pour réaliser la modélisation moléculaire de la protéine mutée et ERRAT/PROCHECK pour évaluer la qualité de nos résultats.