conception d’amorces de gène KIR associé à l’immunité anti- tumorale

Abstract

Les cellules naturelles tueuses (NK) font partie des grands lymphocytes granuleux (GLG) et présentent la première ligne de défense contre les cellules transformées par la présence de différents récepteurs fonctionnelles comme les récepteurs de types immunoglobulines tueuses (KIR) sont des glycoprotéines. La polymérase chaine réaction (PCR) est une technique enzymatique qui permet d’analyser et détecter les altérations des niveaux d’expression des gènes dans le cancer grâce à de bonnes paires d’amorces. Objectif. Concevoir des amorces spécifiques au gène KIR, exprimé sur la cellule NK dans le cancer, en utilisant le logiciel Primer-BLAST. Matériel et méthode. Nous avons lancé une étude bio-informatique afin de trouver la séquence génomique du gène KIR dans la base de données www.ensembl.org . A partir du National Center For Biotechnology Information (NCBI) nous avons utilisé le logiciel Primer- BLAST pour concevoir la bonne paire d’amorce du gène KIR et dans le but de confirmer leur spécificité ainsi que leur fiabilité, pour l’utilisation dans la technique PCR, nous avons soumis la paire d’amorces choisie à une confirmation de résultats par la PCR in -Silico. Résultats. Dans les résultats donnés par le Primer-BLAST la paire d’amorce numéro 7 est celle qui présente les bonnes caractéristiques d’une paire d’amorce. Elle donnerait un produit d’amplification spécifique de 676pb qui correspond à l’exon5 Du gène KIR. Et donnerait des produits aspécifiques de taille supérieur à 1000pb, ce qui rend leur amplification impossible. Cette paire à une longueur de 20 bases et une température d’hybridation de 59°C ainsi qu’une teneur en GC de 50%. Conclusion. La paire d’amorce choisie est spécifique et fiable pour faire une amplification de l’exon 5 du gène KIR par la technique PCR qui permet d’étudier l’expression du gène KIR et d’analyser les modifications de sa séquence, dans le cancer. Mots clés La cellule NK, gène KIR, Amorce, cancer, PCR.