Recherche des biomolécules d’origine végétale à pouvoir acaricide et leurs applications sur le Varroa destructor par les méthodes de modélisation moléculaire

Abstract

Varroa destructor est l'un des principaux acariens ectoparasites des abeilles domestiques, Apis mellifera. Le but de notre étude est de remplacer les acaricides chimiques par des traitements naturels afin de contrôler cet acarien en inhibant la protéine D-Glucose 1-phosphate. Pour ce faire, nous avons utilisé la modélisation moléculaire pour élire le meilleur inhibiteur extrait des huiles essentielles des plantes de la famille des Rutacées. Le β-Eudesmol extrait de l'huile essentielle des feuilles du genre Fortunella a donné un bon résultat du docking moléculaire. La valeur de score était de -6,9 Kcal/mol. L'Amitraz est l'acaricide le plus utilisé mais l'acarien ectoparasite a développé une résistance contre ce traitement et il persiste dans les produits de la ruche. Le complexe D-Glucose 1-phosphate / β-Eudesmol, Valérianole, (E)-nérolidol a donné une liaison hydrogène. Le complexe D-Glucose 1-phosphate / α−eudesmol a donné deux liaisons hydrogènes ; tandis que le complexe D-Glucose 1-phosphate / Amitraz n'a donné aucune liaison hydrogène. L'étude de simulation de dynamique moléculaire a montré de bons résultats pour le β-Eudesmol, (E)-nérolidol, α−eudesmol. Le complexe D-Glucose 1-phosphate / β-Eudesmol a montré une tendance stable au cours du temps de simulation. L'analyse RMSD révèle que le complexe D-Glucose 1-phosphate / β-Eudesmol présente la plus grande stabilité avec une moyenne de 5,54 Å par rapport au complexe D-Glucose 1-phosphate / Amitraz qui présente une moyenne de 5,52 Å. Le Schotténol extrait de l’huile essentielle de l’Arganier a formé un complexe stable avec la protéine Cytochrome c oxidase.