Les prélèvements en microbiologie

Abstract

Les précautions dites "universelles" doivent être prises pour tous les prélèvements. Tout produit pathologique doit être considéré à l'heure actuelle comme potentiellement infectieux. Toute précaution doit être prise lors des prélèvements et de la manipulation des échantillons pour la protection du personnel, en particulier lorsque le risque infectieux est accru, comme dans le cas d'un micro-organisme très virulent à risque épidémique, ou bien particulièrement résistant aux chimiothérapies anti-infectieuses. Les principales règles de sécurité peuvent être ainsi rappelées La fermeture des récipients doit être hermétique, pour ne pas contaminer l'extérieur des flacons ou des tubes. Les procédures de désinfection adaptées à chaque type de contamination doivent être connues. Le récipient dont la surface externe a été contaminée peut être placé dans un deuxième récipient ou dans un sac en plastique fermé hermétiquement. La prescription accompagnant le prélèvement doit être alors placée à l'extérieur de cet emballage supplémentaire. Lorsqu'un récipient fuit, il est préférable de ne pas le manipuler. Lorsqu'il ne peut être placé dans un autre récipient étanche, il faut éviter de le transporter. Il doit être autoclavé et un autre échantillon clinique doit être transmis au laboratoire. Il ne faut pas transporter une seringue avec son aiguille; celle-ci doit être retirée avec un dispositif de sécurité et la seringue purgée d'air recapuchonnée, puis placée dans un sac en plastique fermé hermétiquement Différents types de défauts ou d'erreurs liés aux circonstances mêmes du prélèvement ou aux modalités utilisées peuvent interférer avec la reconnaissance Ou l'isolement du micro-organisme responsable de l'infection. Les exemples comprennent le traitement antibiotique au moment du prélèvement, l'application locale de produits anesthésiques sur les lésions avant le prélèvement, l'utilisation d'un soluté contenant un antiseptique pour recueillir l'échantillon, le transport ou le stockage impropre des échantillons, ainsi que le choix d'un milieu de transport inapproprié. D'autres facteurs peuvent gêner la recherche de l'agent étiologique ou empêcher d'établir la cause d'une infection. Ce sont notamment - les difficultés de prélèvement qui peuvent rendre impossible l'obtention d'un échantillon représentatif du processus infectieux; - la contamination habituelle par la flore endogène de certains sites de prélèvement; - la difficulté de distinguer une simple colonisation d'une véritable infection due à des bactéries opportunistes. C'est pourquoi plus les prélèvements auront été effectués avec précaution, plus grand sera le niveau de confiance attribué aux résultats de la culture.