Analyse in silico des SNP associés aux allergiesalimentaires

Abstract

L'allergie alimentaire est un problème clinique de santé publique croissant dans le monde, car elle est difficile à diagnostiquer. Puisque IL-10 etSTAT-6 agit comme des facteurs essentiel dans la régulation de réponses immunitaires toute variation génétique dans ces gènes peut influencer la fonction immunitaire normale et ensuite modifier le risque d'allergie alimentaire, afin d'étudier l'effet de ces différences génétiques grâce à des outils d’analyse in silico de biomarqueurs a été utilisé pour étudier les polymorphismes nucléotidiques simples non synonymes délétères afin de prédire les altérations dommageables et potentielles sur les propriétés de la protéine IL-10 et la protéine STAT-6 . Quatre outils in silico (SIFT, Polyphenev2, SNAP2, PANTHER) ont été utilisés pour estimer les SNP délétères. Ensuite les SNPs ont été soumis à l’analyse fonctionnel par les outils InterPro et PMut. Tandis que le serveur web I-Mutant 3.0 a été utilisé pour déterminer les effets de la substitution des acides aminés sur la stabilité des protéines. Au total, (98 nsSNPs dans le gène IL-10 et 477 nsSNPs dans le gène STAT-6) qui ont été trouvés à partir de la base de données dbSNP du National Center for Biotechnology Information (dbSNP NCBI), 3 nsSNP d’IL-10 et 43 pour le gène STAT-6 ont été prédits comme étant àhaut risque et responsable des maladies. Mots clés : IL-10, STAT-6, SNP, allergie alimentaire, analyse in silico