Analyse in silico des SNPs à conséquences fonctionnelles sur le CTLA-4 dans le cancer colorectal

Abstract

Puisque CTLA-4 agit comme un facteur de régulation vital pour certaines réponses immunitaires, toute variation génétique dans le gène CTLA-4 peut influencer la fonction immunitaire normale et ensuite modifier le risque de cancer. Par conséquent, la recherche de l'impact de ces variations génétiques dans le gène CTLA-4 pourrait déterminer leur relation avec la susceptibilité au cancer. Pour ce faire, des outils d’analyse in silico de biomarqueurs a été utilisé pour étudier les polymorphismes nucléotidiques simples non synonymes délétères (nsSNP) afin de prédire les altérations dommageables et potentielles sur les propriétés de la protéine CTLA-4 et sur les protéines qui ont une relation avec CTLA-4, en particulier la protéine SRC. Cinq outils in silico (SIFT, Polyphenev2, PROVEAN, SNAP2, PANTHER) ont été utilisés pour estimer les SNP délétères. Ensuite les SNPs ont été soumis à l’analyse fonctionnel par les outils InterPro et PMut. Tandis que le serveur web I-Mutant3.0 a été utilisé pour déterminer les effets de la substitution des acides aminés sur la stabilité des protéines. La conservation évolutive des résidus d'acides aminés des protéines étudiés a été analysée par ConSurf. A partir de 99 nsSNPs appartenant au CTLA-4 et 266 nsSNPs au gène SRC, 4 nsSNP de CTLA-4 et 14 pour le gène SRC ont été prédits comme étant à des mutations à haut risque. Sur la base des résultats de cette étude, nous avons pu conclure que les substitutions délétères de la protéine CTLA-4 (T72I, N145H, N145S, T147A) et de la protéine Src (P136R, D407N, T460K, P487L, R509W, P510A, P210S, G173V, F223L, A296S, A330D, M344L, T432M, M498L) peuvent être des candidats importants pour le cancer colorectal.