Elaboration d’amorces pour le gène HLA DR3/DR4 lié au diabète du type 1

Abstract

Introduction. L’incidence du diabète de type 1 (DT1) dans différents groupes ethniques est extrêmement variable, suggérant l’implication aussi bien de déterminants génétique que d’éléments de l’environnement. Des études précédentes sont montré que des sujets caucasiens hétérozygotes DR3/DR4 ont 50 fois plus de risques de développer un diabète par rapport à la population générale. Compte tenu des statistiques élevées du DT1 en Algérie et l'absence d’études d’associations génétiques chez cette même population le but de cette étude est de concevoir des amorces spécifiques encadrant les transcrits des gènes HLA DR3 et DR4 afin d’évaluer, par la suite, le risque conféré par ces allèles sur l'apparition du DT1 dans la population Algérienne au cours d’études ultérieures de type cas-témoins ou des études de familles. Matériel et méthodes. Les séquences génomiques et des transcrits des gènes HLA-DR3 et HLA-DR4 ont été obtenu grâce à la base de donnée Ensembl. Le logiciel Primer-Blast a été utilisé pour concevoir des amorces spécifiques encadrant une partie de chaque transcrit. Résultats. Dans un premier temps, des amorces aspécifiques ont été obtenus, ce qui nous a obligés à changer la séquence à amplifier. Les amorces obtenues sont spécifiques des transcrits des gènes HLA DR3 et DR4 et présent des caractéristiques optimales pour le bon déroulement d’une PCR classique ou une RT-qPCR. IV Summary: Introduction The incidence of type 1 diabetes (T1D) in different ethnic groups is highly variable, suggesting the involvement of both genetic determinants and environmental elements. Previous studies have shown that DR3 / DR4 heterozygous Caucasian subjects are 50 times more likely to develop diabetes than the general population. Taking into account the high statistics of DT1 in Algeria and the absence of studies of genetic associations in this same population, the aim of this study is to conceive specific primers framing the transcripts of the HLA DR3 and DR4 gene in order to evaluate the risk conferred by these alleles on the occurrence of T1D in the Algerian population in subsequent case-control studies or family studies. Material and methods. The genomic sequences and transcripts of the HLA-DR3 and HLA-DR4 genes were obtained using the Ensembl database. The Primer-Blast software was used to design specific primers framing a portion of each transcript. Results. Initially, aspecific primers were obtained, which forced us to change the sequence to be amplified. The primers obtained are specific to the transcripts of the HLA DR3 and DR4 genes and exhibit optimal characteristics for the smooth operation of a conventional PCR or a RT-qPCR. V الملخص: مقدمة : ( انتشار مرض السكري من النوع 1 T1D ( في مجموعات عرقية مختلفة هو متغير للغاية، مما يشير إلى مشاركة كل من العوامل الوراثية والعناصر البيئية. وقد أظهرت الدراسات السابقة أن DR3 / DR4 المواضيع القوقازي متخالف هي أكثر عرضة 05 مرة لتطوير مرض السكري من عامة السكان. مع الأخذ بعين الاعتبار إحصاءات عالية من DT1 في الجزائر وغياب الدراسات للرابطات الوراثية في نفس السكان، والهدف من هذه الدراسة هو تصور الإشعال محددة تأطير النصوص من هلا DR3 و DR4 الجينات من أجل تقييم المخاطر التي تمنحها هذه الأليلات على حدوث T1D في السكان الجزائريين في دراسات لاحقة للتحكم في الحالات أو دراسات الأسرة. المواد والأساليب : تم الحصول على تسلسل الجينومية والنصوص من الجينات هلا- DR3 و هلا- DR4 باستخدام قاعدة بيانات إنزمبل. تم استخدام البرنامج التمهيدي الانفجار لتصميم الاشعال محددة تأطير جزء من كل نص. النتائج : في البداية، تم الحصول على الاشعال محددة، الأمر الذي أجبرنا على تغيير تسلسل ليتم تضخيمها. الاشعال التي تم الحصول عليها هي محددة لنصوص جينات هلا DR3 و DR4 وعرض الخصائص المثلى للعمل السلس ل ير